エイシンフラッシュが皐月賞3着から臨んだ日本ダービーには史上最高の下馬評を受ける強敵が集った。エイシンフラッシュは皐月賞の好走にもかかわらず7番人気に甘んじたが、この屈辱をバネにするかのような圧巻のパフォーマンスで低評価を覆す。1800m地点に1分53秒5の超スローペースで差し掛かかったレースはラスト600mの瞬発力勝負に。中団の内ラチ沿いに待機していたエイシンフラッシュは馬群の中を進出すると、ダービー史上最速の上がり時計32秒7を叩き出して鮮やかに世代の頂点を極めた。
ただ、この強烈な瞬発力は諸刃の剣だった。最高のキレ味を発揮できるのは一瞬。末脚の使いどころが難しく、ダービー後は地力の高さで上位争いこそ演じるものの、5歳秋まで2年余り白星に見放されることになった