続くダービーは逃げたキングヘイローの2番手につけたが、スペシャルウィーク圧勝の前に4着敗退。休養を挟み、秋は京都大賞典から始動する。
この年の京都大賞典は、天皇賞(春)を制したメジロブライト、春のG1連続2着のステイゴールド、さらに前年の有馬記念馬・シルクジャスティスと強力な古馬勢が相手。4番人気のセイウンスカイは大逃げを打ったものの、3コーナー手前で後続との差がみるみる詰まり、さすがにこの相手では苦しかったか、と思われた。ところが、ここでの「ため」を生かして直線を11秒1-11秒5でまとめて鮮やかな逃げ切り。見るものすべての目を欺くほどの、脅威的な強さを発揮したのだ。
そして迎えた三冠最後の菊花賞。前半から11秒台のラップを連続で刻んだセイウンスカイは、大きなリードを取って2周目の向正面へ。いったんペースを落としたものの、それでも2番手に5~6馬身、3番手以下には10馬身ほどの差をつけていた。すると今度は京都大賞典とは違い、坂の上りから徐々にペースを上げ、4コーナー手前で一気にスパート。スペシャルウィークやエモシオン、キングヘイローなども必死に追ったが差は詰まらず、レコードタイムでなんと38年ぶりの菊花賞逃げ切り勝ちを演じたのだった