「ヨッシー」が、しゃべる図鑑「フカシギ」の依頼で図鑑の中に入り、いろんな特徴を持つふかしぎな生き物を調査していくアクションゲーム

食べてみる、背負う、近づくなど、ヨッシーならではのアクションを活かして、生き物たちのふかしぎな特徴を発見していく

図鑑を完成させていくことがヨッシーたちの目的。図鑑の中には「発見」がいっぱいあり、「発見」は図鑑に記録される