組織変更を変更した場合の課税関係
法人の組織変更により、その組織変更法人の株式(出資を含みます。以下同じ。)のみが交付される場合には、旧株の取得価額が新株に引き継がれ(所得税法施行令第115条)、特段の課税関係は生じません。



　これに対して、株式以外の資産の交付を受けた場合には、その株式の取得価額は、その取得時における時価とされます(所得税法施行令第109条第1項第6号)。



また、交付を受けた資産の合計額のうち、その交付の基因となった株式に対応する資本金等の額を超える部分の金額はみなし配当課税の対象となり(所得税法第25条第1項第7号)、更に、みなし配当以外の部分の金額は株式等の譲渡所得等に係る収入金額とみなされます(租税特別措置法第37条の10第3項第7号)。
...もっと見る（『国税庁ホームページ・質疑応答事例・組織変更に伴い株式以外の資産の交付を受けた場合』より）



原則、組織変更前の合同会社の社員に組織変更後の株式会社の株式のみを交付した場合は、税金の問題が発生しないが、株式以外に金銭等を株主に交付すると課税問題が発生することがあるので、社員に金銭を交付する場合には注意を要します。



組織変更した場合の課税関係につきましては、税務署又は税理士にご相談ください。