1年生で「普通」「選抜」のクラス分けをし、2年になると普通クラスの中で「文系」「理系」に分かれます。3年次には進路に合わせてさらに細かなコース選択をできるなど、生徒自身が自分の進路を選択できる「選択の自由」を重視しています。進路実績としては「熊本大学」をはじめとする国公立大学や、「早慶理」や「GMARCH」等の私立大学への合格者がいます。付属校であることから1割程度の卒業生が熊本学園大学へ進学します